Pertencia a uma das famílias mais nobres da Espanha. Era duque de Gandia e exerceu as elevadas funções de vice-rei da Catalunha. Certa ocasião foi incumbido de acompanhar o transporte do cadáver da imperatriz Isabel, que falecera em Toledo, até Granada, onde se faria o sepultamento. O transporte foi lento e durou 15 dias. No momento de sepultar a imperatriz, o protocolo exigia que fosse aberto o caixão para ser reconhecido o cadáver. Aquela que fora admirada em toda a Cristandade por sua beleza deslumbrante estava reduzida a um amontoado de podridão. Tocado pela graça a propósito daquela cena chocante, Francisco compreendeu a vaidade de toda a glória mundana, e decidiu que se algum dia enviuvasse, se consagraria inteiramente a Deus. Assim de fato aconteceu: enviuvou aos 40 anos de idade, renunciou a todos os seus títulos e bens e ingressou na Companhia de Jesus como filho espiritual de Santo Inácio de Loyola, chegando a ser superior geral daquela família religiosa.